Se conoce también como mapeo. Se llama activación a la primera vez que se realiza este proceso.

La programación o mapeo del procesador (componente externo) es personalizado; esta calibración se realiza con base en una serie de mediciones específicas realizadas en cada persona. Este proceso consiste en ajustar los parámetros del implante, para obtener el máximo provecho de él, proporcionando la mejor calidad de audición posible.

​

Se realiza periódicamente y requiere de experiencia, ya que se pretende que la señal sea escuchada con comodidad. Si los niveles que se establecen sobrepasan el nivel de comodidad del usuario, puede ser doloroso y ofrecerá poca o ninguna claridad; por el contrario, si quedan por debajo del nivel audible, la señal no será percibida o presentará mucha dificultad para discriminar los sonidos.

​

La programación debe tener una secuencia e idealmente una relación estrecha con el proceso de (re)habilitación.